บริษัท นิปปอน เอ็กซ์เพรส (ประเทศไทย) จำกัด (ในที่นี้เรียกว่า NE Thailand) และบริษัท นิปปอน เอ็กซ์เพรส โลจิสติกส์ (ประเทศไทย) จำกัด (ในที่นี้เรียกว่า NEL Thailand) ซึ่งเป็นบริษัทสาขาประเทศไทยในเครือบริษัท นิปปอน เอ็กซ์เพรส จำกัด ทั้งคู่ ถูกรวมบริษัทโดยมีผลตั้งแต่วันพฤหัสบดีที่ 1 เมษายนเป็นต้นไป และได้เริ่มดำเนินธุรกิจเป็นหนึ่งเดียวภายใต้ชื่อบริษัท นิปปอน เอ็กซ์เพรส โลจิสติกส์ (ประเทศไทย) จำกัด
ก่อนหน้านี้ NE Thailand ดูแลรับผิดชอบหลัก ๆ ในด้านการขนส่งและย้ายสินค้าทางอากาศในประเทศไทย ขณะที่ NEL Thailand ดูแลเรื่องการขนส่งทางทะเล การจัดการคลังสินค้า และการกระจายสินค้าเป็นส่วนใหญ่ เช่นเดียวกับการขนส่งด้วยรถบรรทุกทั้งในประเทศและข้ามพรมแดน เมื่อปี 2559 บริษัทได้มีการเปิดตัวโครงการเพื่อสร้างองค์กรและกำหนดการทำงานของนิปปอน เอ็กซ์เพรส ในประเทศไทยใหม่ ด้วยการปรับโครงสร้าง 2 บริษัทหลักในไทย (NE Thailand และ NEL Thailand)
การรวมธุรกิจในครั้งนี้จะนำมาซึ่งการเปลี่ยนแปลงโครงสร้างองค์กรที่จะหลอมรวมช่องทางการขนส่งต่าง ๆ เข้าไว้ด้วยกัน ซึ่งจะยกระดับการทำงานภายในกลุ่ม NE Thailand ไปอีกขั้น พร้อมเสริมแกร่งโครงสร้างงานขาย เพื่อให้บริการอันหลากหลายที่ตอบโจทย์ความต้องการของลูกค้าที่เปลี่ยนแปลงอยู่ตลอดเวลาได้ดีขึ้น นิปปอน เอ็กซ์เพรส ปรารถนาที่จะสนับสนุนซัพพลายเชนของลูกค้าในไทย ด้วยการยกระดับบริการคลังสินค้าและการขนส่งข้ามพรมแดนที่ครบจบในที่เดียว